Organizáciu MS upravuje zákon č. 245/2008 Z. z. o výchove a vzdelávaní (školský zákon) a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov a vyhláška č. 224/2022 Z. z. o strednej škole. Realizáciu EČ MS a PFIČ MS zabezpečuje oddelenie hodnotenia a monitorovania vzdelávania, odbor podpory formálneho vzdelávania NIVaM.